Muunna FASTA muotoon GenBank
Muunnin muuntaa FASTA-sekvenssin yksinkertaiseksi GenBank-tyyliseksi tietueeksi ja kirjoittaa sekvenssin ORIGIN-osioon; se ei päättele eikä lisää biologisten ominaisuuksien annotaatioita.
Muotojen vertailu ja tekniset tiedot
| Määritys | FASTA | GENBANK |
|---|---|---|
| MIME-tyyppi | text/ | text/ |
| Tyyppi | bioinformatiikan sekvenssiteksti | Annotoitu nukleotiditietue litteätiedostomuodossa |
| Pakkaus | Ei pakkausta (pelkkää tekstiä) | Ei pakkausta (pelkkää tekstiä) |
| Standardimääritys | NCBI FASTA Specification | NCBI GenBank Flatfile Release Notes |
| Tiedostotunniste (Magic Bytes) | 3E ('>' Sequence header line) | 4C 4F 43 55 53 20 20 20 20 (LOCUS ) |
Muodon yleiskatsaus ja käyttökohteet
Genomiikan tutkijat siirtyvät usein yksinkertaisista sekvenssitekstitiedostoista runsaasti annotoituihin tietueisiin. FASTA-tiedosto on kevyt: siinä on vain suurempi kuin -merkillä alkava otsikkorivi ja nukleotidi- tai aminohappokirjaimet. Yksinkertaisuus sopii hyvin peruskohdistukseen ja sekvenssihakuihin. Uusien genomien julkaisemiseen tai tiettyjen geenien ominaisuuksien tutkimiseen tarvitaan kuitenkin jäsenneltyjä metatietoja. GenBank-tiedostomuoto sisältää geneettisen sekvenssin jäykässä, monirivisessä tekstitiedostossa. Siinä on omat osionsa lokuksen nimelle, eliön taksonomialle, julkaisviitteille ja ominaisuusluetteloille, jotka osoittavat geenien, koodaavien alueiden ja promoottorien sijainnin kromosomissa. Bioinformatiikan prosessointiketjut, genomiselaimet ja NCBI GenBankin kaltaiset lähetysportaalit käyttävät tätä runsasta annotaatiorakennetta raaka-DNA:n tulkintaan. Muunnos yhdistää raakasekvenssin löytämisen ja sen muodollisen biologisen kuvauksen. FASTA-tiedosto kertoo, mitä kirjaimia DNA:ssa on, kun taas kohteena oleva GenBank-tiedosto kuvaa, mitä ne tekevät elävässä solussa.
Tekniset tiedot ja koodekkien erittely
Muunnin muuntaa FASTA-sekvenssin yksinkertaiseksi GenBank-tyyliseksi tietueeksi ja kirjoittaa sekvenssin ORIGIN-osioon; se ei päättele eikä lisää biologisten ominaisuuksien annotaatioita.
Käyttöjärjestelmien ja selaimien yhteensopivuus
Molemmat muodot ovat tavallista ASCII-tekstiä ja toimivat useimmissa nykyaikaisissa käyttöjärjestelmissä ja laitteissa. Voit avata ja muokata niitä Windowsissa, macOS:ssä ja Linuxissa tavallisilla tekstieditoreilla tai erikoistuneilla bioinformatiikkaohjelmilla, kuten Geneious, SnapGene ja Artemis. Verkkoselaimet voivat näyttää molemmat tiedostotyypit tekstialueella tai JavaScript-pohjaisella sekvenssikatselimella. Komentorivityökalut, kuten Biopython, EMBOSS ja NCBI BLAST, jäsentävät tiedostoja luotettavasti työpöytäpäätteillä, suurteholaskentaklustereissa ja pilviympäristöissä.
Hyödyllistä tietoa
Tulosteen koko riippuu sekvenssistä ja tietueen tekstistä. Muunnin ei luo täysin annotoitua GenBank-tietuetta; lisää tarvittaessa erikseen tarkistetut lähde- ja ominaisuustiedot.
Usein kysytyt kysymykset
Miten FASTA-sekvenssi muunnetaan GenBank-tiedostoksi laatua menettämättä?
Muunnin muuntaa FASTA-sekvenssin yksinkertaiseksi GenBank-tyyliseksi tietueeksi ja kirjoittaa sekvenssin ORIGIN-osioon; se ei päättele eikä lisää biologisten ominaisuuksien annotaatioita.
Mikä ero on FASTA-sekvenssin ja GenBank-flatfilen välillä?
FASTA-tiedosto on minimalistinen tekstimuoto, joka sisältää vain yksinkertaisen otsikkorivin ja raakasekvenssimerkkijonot. GenBank-tiedosto on vahvasti jäsennelty asiakirja, joka on jaettu määriteltyihin osioihin, kuten LOCUS, DEFINITION, ACCESSION, SOURCE, FEATURES ja ORIGIN, jotta sekvenssin ohella voidaan tallentaa runsaita biologisia metatietoja.