रासायनिक निर्देशांक फ़ाइल (.xyz)

कम्प्यूटेशनल मानक

कार्टेशियन केमिकल कोऑर्डिनेट फ़ाइल (XYZ) कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान और आणविक मॉडलिंग का मानक है। यह परमाणुओं के तत्वों और 3D स्थानिक निर्देशांकों के माध्यम से आणविक ज्यामिति और रासायनिक अभिक्रियाओं के सिमुलेशन का वर्णन करती है।

आविष्कर्ता: Minnesota Supercomputer Instituteवर्ष: 1989MIME: chemical/x-xyz

निरीक्षण और मेटाडेटा

ऑपरेटिंग सिस्टम और फ़ाइल विश्लेषक शुरुआती बाइनरी बाइट अनुक्रम का निरीक्षण करके XYZ फ़ाइलों की पहचान करते हैं:

फ़ाइलें यहाँ चुनें या छोड़ें

निजी - फ़ाइलें कभी आपके डिवाइस से बाहर नहीं जातीं

या पेस्ट करें Ctrl+V
नेटवर्क पर कोई डेटा भेजे बिना गोपनीयता की गारंटी: बाहरी सर्वर पर 0 बाइट अपलोड किए गए। सारी प्रोसेसिंग आपके ब्राउज़र सैन्डबॉक्स में स्थानीय रूप से हुई।

बाइट-स्तरीय हेडर हस्ताक्षर (मैजिक बाइट्स)

ऑपरेटिंग सिस्टम और फ़ाइल विश्लेषक शुरुआती बाइनरी बाइट अनुक्रम का निरीक्षण करके XYZ फ़ाइलों की पहचान करते हैं:

HEX हस्ताक्षर (ऑफ़सेट 0):

31 2D 39 0A

ASCII निरूपण: N\n

मानकीकरण: कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान का व्यवहार में प्रचलित मानक

तकनीकी विनिर्देश

कंटेनर आर्किटेक्चरपंक्ति 1: परमाणुओं की संख्या N; पंक्ति 2: टिप्पणी/शीर्षक; इसके बाद की N पंक्तियाँ: तत्व का प्रतीक, फिर X, Y, Z निर्देशांक ऐंग्स्ट्रॉम में
कंप्रेशनअसंपीड़ित सादा पाठ
बाइट एंडियानेसUTF-8 / ASCII पाठ स्ट्रीम
कलर स्पेसCPK रंग परंपरा (कार्बन=काला/धूसर, हाइड्रोजन=सफ़ेद, ऑक्सीजन=लाल, नाइट्रोजन=नीला)
चैनल और संरचनापरमाणु स्थितियाँ, तत्वों के प्रकार और वैकल्पिक आणविक गतिकी एनिमेशन फ़्रेम
अधिकतम आयामअसीमित परमाणु निर्देशांक स्थान (ऐंग्स्ट्रॉम में मापा जाता है: 10^-10 मीटर)
पारदर्शिताकोई नहीं
स्ट्रीमिंग और प्रोग्रेसिवबहु-फ़्रेम प्रक्षेप-पथ स्ट्रीमिंग: आणविक गतिकी फ़िल्मों के लिए लगातार कई फ़्रेम

तकनीकी तुलना मैट्रिक्स: XYZ बनाम प्रतियोगी

तकनीकी विशेषताXYZ (वर्तमान)PLYOBJSTL
डोमेनकम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान और भौतिकीवैज्ञानिक लेजर स्कैन / पॉइंट क्लाउडसामान्य 3D कंप्यूटर ग्राफिक्स3D प्रिंटिंग और विनिर्माण
डेटा प्रतिनिधित्वरासायनिक तत्व और एंगस्ट्रॉम निर्देशांकशीर्ष, चेहरे, कस्टम गुणशीर्ष, सामान्य, बनावट UVsत्रिकोणीय सतह पहलू
रासायनिक कनेक्टिविटीबॉन्ड त्रिज्या द्वारा गतिशील रूप से गणना की गईगैर-रासायनिकगैर-रासायनिकगैर-रासायनिक
प्रक्षेपवक्र एनिमेशनलगातार जोड़े गए कई फ़्रेमों का अंतर्निहित समर्थनकोई नहींकोई नहींकोई नहीं

सामान्य करप्शन मोड और हेक्स रिकवरी गाइड

आणविक दर्शक त्रुटि: 'Premature end of file while reading atoms'।

मूल कारण: पंक्ति 1 पर परमाणुओं की संख्या बताने वाला पूर्णांक फ़ाइल में निर्देशांक-पंक्तियों की वास्तविक संख्या से मेल नहीं खाता है।

रिकवरी: File2File.app Chemical Converter का उपयोग करके पंक्ति 1 पर परमाणु गिनती पूर्णांक को सही करें।

सुरक्षा विश्लेषण और पार्सर अटैक वेक्टर्स

XYZ पार्सर ASCII तत्व गणना और स्ट्रिंग टोकन पढ़ते हैं जिन्हें स्टैक बफर ओवरफ़्लो से सुरक्षित किया जाना चाहिए।

ज्ञात अटैक वेक्टर्स

  • निश्चित लंबाई वाले चरित्र सरणियों में परमाणु लाइनों को पढ़ते समय स्टैक बफर ओवरफ़्लो।
  • atom_count * sizeof(Atom) मेमोरी आवंटन के दौरान पूर्णांक अतिप्रवाह।
  • गढ़े हुए अरब-परमाणु घोषणाओं के माध्यम से सेवा से इनकार (DoS)।

सुरक्षात्मक सर्वोत्तम प्रथाएँ: आणविक निर्देशांक बफर आवंटित करने से पहले परमाणुओं की संख्या को भौतिक फ़ाइल में पंक्तियों की संख्या से मिलाकर सत्यापित करें।

ऐतिहासिक मूल और मील के पत्थर

2000XYZ निर्देशांक फ़ाइलें आणविक मॉडलिंग और कम्प्यूटेशनल रसायन में उपयोग होती हैं; समर्थन सॉफ़्टवेयर पर निर्भर करता है।
1995आणविक गतिकी सिमुलेशन के लिए बहु-फ़्रेम प्रक्षेपवक्र एक्सटेंशन मानकीकृत किए गए।
1989इसे XMol आणविक विज़ुअलाइज़ेशन पैकेज के लिए मिनेसोटा सुपरकंप्यूटर संस्थान में बनाया गया।

मुख्य लाभ और खूबियाँ

  • पूर्ण वास्तुकला की सादगी: पंक्ति 1 परमाणु गिनती है, पंक्ति 2 एक टिप्पणी है, और शेष पंक्तियाँ तत्व X Y Z निर्देशांक हैं।
  • XYZ निर्देशांक फ़ाइलें आणविक मॉडलिंग और कम्प्यूटेशनल रसायन में उपयोग होती हैं; समर्थन सॉफ़्टवेयर पर निर्भर करता है।
  • बहु-फ़्रेम प्रक्षेपवक्र एनिमेशन का समर्थन करता है: आणविक गतिशीलता फिल्में बनाने के लिए बस हजारों फ़्रेमों को संयोजित करें।

तकनीकी सीमाएँ और कमियाँ

  • रासायनिक बंधों की अंतर्निहित जानकारी नहीं होती: आणविक विज़ुअलाइज़र को अंतरपरमाणु दूरियों के आधार पर बंधों का अनुमान लगाना पड़ता है।
  • कस्टम टिप्पणी-पंक्ति एक्सटेंशन के बिना, इसमें क्रिस्टलोग्राफिक यूनिट सेल पैरामीटर (लैटिस वैक्टर) नहीं होते।
  • आंशिक परमाणु आवेश या बल क्षेत्र परमाणु प्रकारों के लिए कोई मानक समर्थन नहीं।

रोचक तकनीकी जानकारी

  • XYZ फ़ॉर्मैट की एक आधिकारिक विशिष्टता नहीं है और निर्देशांक की इकाइयाँ इसके प्रकार के अनुसार बदल सकती हैं; फ़ाइल का स्रोत और सॉफ़्टवेयर दस्तावेज़ देखें। आम आणविक XYZ फ़ाइलों में Ångström का उपयोग होता है।
  • पानी (H2O) को पाठ की केवल 5 पंक्तियों में XYZ फ़ाइल में वर्णित किया जा सकता है।
  • प्रोटीन के मुड़ने के आणविक गतिशीलता सिमुलेशन अक्सर लाखों समय-चरणों में फैली बहु-गीगाबाइट XYZ प्रक्षेपवक्र फ़ाइलें उत्पन्न करते हैं।

अक्सर पूछे जाने वाले तकनीकी प्रश्न

XYZ फ़ाइल क्या होती है?

XYZ फ़ाइल रसायन विज्ञान और भौतिकी में किसी अणु या क्रिस्टल में परमाणुओं की 3D स्थितियों को रिकॉर्ड करने के लिए उपयोग किया जाने वाला एक साधारण सादा टेक्स्ट प्रारूप है।

कौन सा सॉफ़्टवेयर XYZ फ़ाइलें खोलता है?

Avogadro, PyMOL, VMD, Jmol, Chemcraft, और File2File.app XYZ आणविक मॉडल देख और बदल सकते हैं।

क्या मैं XYZ अणु को 3D-प्रिंट करने योग्य STL फ़ाइल में बदल सकता हूँ?

हाँ। File2File.app XYZ निर्देशांकों से आणविक बॉल-एंड-स्टिक निरूपण उत्पन्न कर सकता है और उन्हें 3D-प्रिंट करने योग्य STL या GLB मॉडल के रूप में निर्यात कर सकता है।