แปลง GenBank เป็น FASTA
การแปลงไฟล์ข้อความ GenBank เป็นลำดับ FASTA จะตัดข้อมูลเมตาและคำอธิบายประกอบออก เหลือไว้เพียงลำดับนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนดิบที่จำเป็นต่อการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศอย่างรวดเร็ว
การเปรียบเทียบรูปแบบและข้อกำหนดทางเทคนิค
| ข้อกำหนด | GENBANK | FASTA |
|---|---|---|
| ประเภท MIME | text/ | text/ |
| ประเภท | ไฟล์ข้อมูลนิวคลีโอไทด์แบบ flat file พร้อมคำอธิบายประกอบ | ข้อความลำดับข้อมูลชีวสารสนเทศ |
| การบีบอัด | ไม่มี (ข้อความธรรมดา) | ไม่มี (ข้อความธรรมดา) |
| ข้อกำหนดมาตรฐาน | NCBI GenBank Flatfile Release Notes | ข้อกำหนด FASTA ของ NCBI |
| ส่วนหัวที่ระบุลายเซ็นไฟล์ | 4C 4F 43 55 53 20 20 20 20 (LOCUS ) | 3E ('>' Sequence header line) |
ภาพรวมรูปแบบและการใช้งาน
ระเบียน GenBank มีข้อมูลลำดับและคำอธิบายประกอบ FASTA เก็บลำดับพร้อมบรรทัดคำจำกัดความ และเครื่องมือ alignment กับค้นหาหลายตัว เช่น BLAST ยอมรับเมื่อจัดรูปแบบให้ตรงกับเครื่องมือ การแปลงเป็น FASTA จะทิ้งคำอธิบายประกอบ และข้อกำหนดอินพุตแตกต่างกันตามแอปชีวสารสนเทศ
ข้อกำหนดทางเทคนิคและรายละเอียดตัวแปลงสัญญาณ
รูปแบบ GenBank flatfile ใช้ประเภท MIME text/plain และประกอบด้วยข้อความที่มีโครงสร้างสูงซึ่งจัดระเบียบเป็นส่วนคีย์เวิร์ดที่ชัดเจน เช่น LOCUS, DEFINITION, ACCESSION และ ORIGIN รูปแบบ FASTA ยังใช้ประเภท MIME text/plain ด้วย แต่จะตัดทุกส่วนออกยกเว้นบรรทัดส่วนหัวเดี่ยวที่ขึ้นต้นด้วยเครื่องหมายมากกว่าและแถวถัดมาของตัวอักษรลำดับดิบ รูปแบบทั้งสองไม่ได้ใช้การบีบอัดโดยค่าเริ่มต้น ซึ่งหมายความว่าทั้งคู่มีอยู่เป็นไฟล์ข้อความธรรมดาที่เข้ารหัสด้วย ASCII หรือ UTF-8 ลายเซ็นไบต์ไบนารีไม่มีอยู่สำหรับรูปแบบข้อความธรรมดาเหล่านี้ แต่ซอฟต์แวร์จะระบุรูปแบบเหล่านั้นโดยการสแกนส่วนหัวข้อความเริ่มต้น มองหาคำสำคัญเช่น LOCUS ในไฟล์ GenBank หรืออักขระ '>' ในไฟล์ FASTA เนื่องจาก FASTA เก็บเฉพาะข้อมูลลำดับและละทิ้งคำอธิบายประกอบ การแปลงจึงเป็นแบบทางเดียวสำหรับตัวลำดับเอง แม้ว่าบันทึกทางชีวภาพใดๆ ใน flatfile ต้นฉบับจะสูญหายไปในผลลัพธ์ก็ตาม
ความเข้ากันได้ของระบบปฏิบัติการและเบราว์เซอร์
FASTA และ GenBank เป็นรูปแบบข้อความ แต่แอปอาจ yêu cầu cách xuống dòng, mã định danh, bảng ký tự trình tự hoặc trường bản ghi cụ thể. Nhiều công cụ tin sinh học đọc FASTA; hãy xác nhận biến thể và cài đặt mà công cụ dự định dùng chấp nhận.
เคล็ดลับการใช้งาน
เก็บสำเนาสำรองของ GenBank flatfile ต้นฉบับไว้เสมอก่อนเรียกใช้สคริปต์การแปลง เมื่อคุณตัดคำอธิบายประกอบออกเป็นไฟล์ FASTA แล้ว คุณจะไม่สามารถกู้คืนพิกัดยีนดั้งเดิม การอ้างอิงสิ่งพิมพ์ หรือตารางการแปลจากข้อมูลลำดับเพียงอย่างเดียวได้
คำถามที่พบบ่อย
จะแปลง GenBank Flatfile เป็นลำดับ FASTA โดยไม่สูญเสียคุณภาพได้อย่างไร
การแปลงจะไม่มีการสูญเสียข้อมูลใดๆ เกี่ยวกับข้อมูลลำดับพันธุกรรมจริง ตัวอักษรนิวคลีโอไทด์หรือโปรตีนยังคงถูกต้องแม่นยำ อย่างไรก็ตาม คุณจะสูญเสียคำอธิบายประกอบทางชีวภาพเชิงบรรยายทั้งหมด เช่น ชื่อยีน การอ้างอิงของผู้แต่ง และตารางฟีเจอร์ เนื่องจากรูปแบบ FASTA ถูกออกแบบมาให้เก็บเฉพาะส่วนหัวและตัวลำดับเท่านั้น
ความแตกต่างระหว่าง GenBank Flatfile และลำดับ FASTA คืออะไร
GenBank flatfile เป็นเอกสารหลายส่วนที่ซับซ้อนซึ่งมีข้อมูลเมตาทางชีวภาพที่หลากหลายและลำดับดิบอยู่ที่ด้านล่าง ลำดับ FASTA เป็นรูปแบบข้อความขนาดเล็กที่ประกอบด้วยบรรทัดส่วนหัวเชิงบรรยายเพียงบรรทัดเดียวที่มีเครื่องหมายมากกว่านำหน้า ตามด้วยบรรทัดลำดับดิบ