GenBank biçiminden FASTA biçimine dönüştürücü
GenBank Düz Dosyasını FASTA Dizisine dönüştürmek, hızlı biyoinformatik analiz için gereken yalnızca ham nükleotit veya amino asit dizilerini bırakmak üzere açıklama meta verilerini kaldırır.
Biçim karşılaştırması ve teknik özellikler
| Teknik belirtim | GENBANK | FASTA |
|---|---|---|
| MIME Türü | text/ | text/ |
| Tür | açıklamalı nükleotit düz dosyası | biyoinformatik dizi metni |
| Sıkıştırma | yok (düz metin) | yok (düz metin) |
| Standart belirtimi | NCBI GenBank Flatfile Release Notes | NCBI FASTA Specification |
| Sihirli bayt başlığı | 4C 4F 43 55 53 20 20 20 20 (LOCUS ) | 3E ('>' Sequence header line) |
Format Genel Bakışı ve Kullanım Alanları
GenBank kayıtları dizi verisi ve açıklamalar içerir. FASTA, bir tanım satırıyla birlikte dizi saklar ve araca uygun biçimlendirildiğinde BLAST dâhil birçok hizalama ve arama aracı tarafından kabul edilir. FASTA’ya dönüştürme açıklamaları atar; giriş gereksinimleri biyoinformatik uygulamalarına göre değişir.
Teknik Özellikler ve Kodek Ayrıntıları
GenBank düz dosyası text/plain MIME türünü kullanır ve LOCUS, DEFINITION, ACCESSION ve ORIGIN gibi ayrı anahtar sözcük bölümlerine ayrılmış, yoğun biçimde yapılandırılmış metin içerir. FASTA biçimi de text/plain MIME türünü kullanır, ancak '>' simgesiyle başlayan tek bir başlık satırı ve ardından gelen ham dizi harflerinin satırları dışındaki tüm bölümleri atar. Her iki biçim de varsayılan olarak sıkıştırma kullanmaz; ASCII veya UTF-8 kodlu düz metin dosyalarıdır. Bu düz metin biçimlerinde sihirli bayt imzaları bulunmaz. Bunun yerine yazılımlar, GenBank dosyalarında LOCUS gibi anahtar sözcükleri, FASTA dosyalarında ise '>' karakterini arayarak başlangıçtaki metin başlıklarını tarar. FASTA yalnızca dizi verilerini tuttuğu ve açıklamaları attığı için dizi açısından dönüşüm tek yönlüdür; özgün düz dosyadaki biyolojik notlar çıktıda kaybolur.
İşletim Sistemi ve Tarayıcı Uyumluluğu
FASTA ve GenBank metin biçimleridir, ancak uygulamalar belirli satır uzunluğu, tanımlayıcı, dizi alfabesi veya kayıt alanları isteyebilir. Birçok biyoinformatik aracı FASTA’yı okur; kullanacağınız aracın kabul ettiği varyantı ve ayarları doğrulayın.
Faydalı bilgiler
Bir dönüştürme betiğini çalıştırmadan önce özgün GenBank düz dosyanın bir yedek kopyasını mutlaka sakla. Açıklamaları FASTA dosyasına aktardıktan sonra yalnızca dizi verilerinden özgün gen koordinatlarını, yayın kaynaklarını veya translasyon tablolarını geri elde edemezsin.
Sıkça Sorulan Sorular
GenBank düz dosyasını kalite kaybı olmadan FASTA dizisine nasıl dönüştürebilirsin?
Gerçek genetik dizi verileri açısından dönüşüm tamamen kayıpsızdır; nükleotit veya protein harfleri aynen korunur. Ancak FASTA biçimi yalnızca başlığı ve dizinin kendisini tutacak şekilde tasarlandığından, gen adları, yazar atıfları ve özellik tabloları gibi tüm açıklayıcı biyolojik açıklamalar kaybolur.
GenBank düz dosyası ile FASTA dizisi arasındaki fark nedir?
GenBank düz dosyası, zengin biyolojik meta veriler ve en altta ham dizi bulunan, birden çok bölümden oluşan karmaşık bir belgedir. FASTA dizisi ise '>' simgesinden sonra tek bir açıklayıcı başlık satırı ve ardından ham dizi satırlarından oluşan yalın bir metin biçimidir.