GenBank 轉 FASTA 轉換器
將 GenBank 扁平檔轉換為 FASTA 序列會移除註解中繼資料，只留下快速進行生物資訊分析所需的原始核苷酸或胺基酸序列。
格式比較與技術規格
| 規格 | GENBANK | FASTA |
|---|---|---|
| MIME 類型 | text/ | text/ |
| 類型 | 帶註解的核苷酸平面檔案 | 生物資訊學序列文字 |
| 壓縮 | 無（純文字） | 無（純文字） |
| 標準規格 | NCBI GenBank Flatfile 發行說明 | NCBI FASTA 規格 |
| 檔案簽章（magic bytes）標頭 | 4C 4F 43 55 53 20 20 20 20 (LOCUS ) | 3E ('>' Sequence header line) |
格式概述與應用
GenBank 記錄包含序列資料與註解。FASTA 會以定義行儲存序列，只要格式符合工具要求，便能被許多對齊與搜尋工具（包含 BLAST）所接受。轉換為 FASTA 會捨棄註解，且輸入要求會因不同的生物資訊應用程式而異。
技術規格與編解碼器解析
GenBank 扁平檔格式使用 MIME 類型 text/plain，並包含組織成 LOCUS、DEFINITION、ACCESSION 與 ORIGIN 等獨立關鍵字區段的高度結構化文字。FASTA 格式同樣使用 MIME 類型 text/plain，但會捨棄除了以大於符號開頭的單一標頭行以及隨後的原始序列字母列以外的所有區段。這兩種格式預設皆不使用壓縮，這表示兩者皆是以純文字 ASCII 或 UTF-8 編碼的檔案存在。這些純文字格式並不存在檔案簽章（magic bytes）。取而代之的是，軟體會透過掃描初始文字標頭來識別它們，尋找諸如 GenBank 檔案中的 LOCUS 關鍵字或 FASTA 檔案中的「>」字元。由於 FASTA 僅保留序列資料並捨棄註解，因此就序列本身而言，此轉換是嚴格的單向轉換，不過原始扁平檔中的任何生物學筆記都會在輸出中遺失。
作業系統與瀏覽器相容性
FASTA 與 GenBank 都是文字格式，但應用程式可能會要求特定的換行方式、識別碼、序列字母集或記錄欄位。許多生物資訊工具都能讀取 FASTA；請確認您打算使用的工具所接受的變體與設定。
實用資訊
在執行轉換指令碼之前，請務必保留原始 GenBank 扁平檔的備份。一旦將註解剝離並轉為 FASTA 檔案，您就無法單從序列資料中復原原始的基因座標、文獻參考或轉譯表。
常見問題
如何將 GenBank 扁平檔轉換為 FASTA 序列且不失真？
就實際的基因序列資料而言，轉換過程完全無損。核苷酸或蛋白質字母會保持完全一致。不過，您會遺失所有描述性的生物註解（例如基因名稱、作者引文與特徵表），因為 FASTA 格式僅用於容納標頭與序列本身。
GenBank 扁平檔與 FASTA 序列有什麼區別？
GenBank 扁平檔是一份複雜的多區段文件，包含豐富的生物中繼資料以及位於底部的原始序列。FASTA 序列則是精簡的文字格式，由一行以大於符號開頭的描述性標頭以及隨後的原始序列行組成。